Это означает, что физическим лицам, желающим разместить свои лодки, катера или иные маломерные суда, необходимо заключить договор с органом власти или с водопользователем, которому акватория уже предоставлена.

Может ли быть отказ?

Да. Если участок акватории уже предоставлен другому лицу на основании договора водопользования, это может служить основанием для отказа в предоставлении аналогичного участка третьим лицам.
Фактически, водопользователь получает исключительное право на использование конкретной части водоёма.

Что говорит закон?

Согласно подпункту 2 пункта 2 статьи 11 Водного кодекса РФ, водные объекты могут передаваться в пользование на основании договора в том числе для рекреационных целей, к которым относится и стоянка маломерных судов.
Статья 12 Водного кодекса РФ закрепляет, что договор водопользования заключается между исполнительным органом власти и водопользователем на платной основе.

Вывод

Если вы — физическое лицо и планируете использовать акваторию для размещения или хранения маломерного водного транспорта, договор водопользования обязателен.
Использование акватории без такого договора может быть признано незаконным и повлечь административную ответственность.